Cityterminalen invigdes den 20 januari 1989. Bygget hade då pågått i fyra år. Cityterminalen är en del av World Trade Center och hela byggnaden ritades av arkitekt Ralph Erskine.
Under de inledande åren dominerades trafiken helt av SJ:s bussverksamhet samt Stockholms Lokaltrafik som vid den tiden ägde och drev Flygbussarna med trafik till och från Arlanda och Bromma.
Fram till 2008 har Cityterminalen sett likadan ut, men under 2007 och större delen av 2008 pågick en omfattande ombyggnation. Utgångarna fick ny numrering och butiksytorna blev flera. Samtidigt fick Cityterminalen också en ny grafisk profil och ny logotyp.
Cityterminalen blev 2007 klassad som en grön byggnad av Stadsmuseet. En grönklassning innebär att fastigheten är en byggnad som är särskilt värdefull från historisk, kulturhistorisk, miljömässig eller konstnärlig synpunkt.